BI471计算结构生物学课程教学大纲

计算结构生物学课程教学大纲课程基本信息(Course Information)学时课程代码32学分B1471(CreditCourse Code)(CreditsHours课程名称(中文)计算结构生物学Course(英文)computational structural biologyName课程性质培养计划内课程(Course Type)授课对象(Target生物信息学专业本科生Audience)授课语言(Language of中外双语Instruction)开课院系(中文)生命科学技术学院(School)(英文)School of Life Sciences and Biotechnology先修课程(中文)生物化学、分子生物学Prerequisite(英文)Biochemistry or molecular biology授课教师(中文)魏冬青、徐沁课程网址(英文)Dongqing Wei,(Coursehttp://cbb.sjtu.edu.cn/~qinxu/CADD.htm(Teacher)Qin XuWebpage)计算结构生物学及其在药物设计中的应用是一门随着计算机水平的迅速提高而在最近十几年蓬勃发展起来的一门交叉学科。此学科以统计模型、物理化学原理为基础，以多种计算方法为手段，结合结构生物学、系统生物学、生物信息学、转化医学等多种领域的实验方法，实现对蛋白质、核酸等生物大分子的结构和运动进行预测，对药物小分子及类药化合物的筛选、设计、开发，并深入研究其与作为目标靶体的生物大分子之间的相互作用，阐释其生理、药理机制。由于本学科具有多学科交叉融合，新方法、新思路层出不穷等特点，本课程在*课程简介教学中以系统理论和研究实例相结合，以概念的讲授和具体软件操作的演示相结合，(Description)以现有技术领域的介绍和新兴技术的探索研究相结合。基本知识方面涵盖目前计算机辅助药物设计的几大领域，包括小分子库的构建与搜索、蛋白质大分子的结构预测、定量构效关系模型、药效团模型和其它统计模型、全新药物设计、分子对接、分子模拟等。这些领域当中的很多方法不仅仅可以应用在药物设计当中，也在生物信息学、结构生物学的研究中有着诸多应用。为了避免空对空的讲授知识概念，课堂中将介绍众多最新的研究成果作为教学案例，使得学生可以对于相关知识与方法的应用有更为具体的概念，从而在即将到来的毕业设计中可以把课程所学技术和方法与自己的研究课题结合起来，解决科研中遇到的相关问题。同时课堂中会展示些相关软件的具体使用，使得学生可以利用课余时间对有兴趣的方法自行进行练习，